En 1999 iniciamos el camino al retorno, bajo la conducción de los Profesores Pedro Olaya y Oscar Valencia ex jugadores del club. Y a pesar de contar con un buen equipo el limitante económico impidió culminar con éxito el Zonal de Ascenso.
En el 2002 bajo la dirección del Prof. Fabricio Tello, representamos nuevamente a Esmeraldas en un Zonal de Ascenso, no logrando el objetivo,que es devolver fútbol profesional a la Provincia que más jugadores aporta al país.
En el 2009 un nuevo intento en el Zonal de Ascenso bajo la batuta de los Profesores Jimmy Rivero y Elvis Estupiñan y una vez más el factor económico incidió en el resultado, ya que buen fútbol no faltaba.
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